De Romeinen kenden al wat zij noemden het "Helius" of Helinium, een benaming die tot in de middeleeuwen in gebruik was voor het tegenwoordige Haringvliet en de Maas. De naam Hel(le)voet, of "(land bij) het laagste punt van het Helius", komt vervolgens voor het eerst voor in documenten uit de 13e eeuw, als Oud-Hellevoet, de Hellevoetse Werfhoek, Nieuw Hellevoeterland en in 1395 wanneer de polder Nieuw-Helvoet ter bedijking wordt uitgegeven. Deze polder had een uitwateringssluis in de Zuiddijk: de Hellevoetse sluis.

Geschiedenis
Het gebied Voorne-Putten bestond vroeger uit veen, kleigronden en moerassen. Permanente bewoning van Hellevoetsluis gaat terug naar de ijzertijd (ong. 800 v.Chr.). Er werd toen voornamelijk veeteelt beoefend, en in de Romeinse tijd vanaf 12 v.Chr. waarschijnlijk ook landbouw. Na de 3e eeuw verlieten mensen Voorne-Putten tot de 7e eeuw, in de 11e eeuw keerden de eerste bewoners terug naar wat later Hellevoetsluis zou worden. Omdat het gebied Voorne-Putten vaak overstroomde, begon men met inpolderen.

Het poldergebied waar Hellevoetsluis zou ontstaan werd tussen 1367 en 1394 in cultuur gebracht en er werd meteen ook bewoning gepland. De eerste bewoners hielden zich voornamelijk bezig met landbouw en veeteelt. Het vestinggebied was oorspronkelijk een klein haventje dat gebruikt werd door de bewoners van het 15e-eeuwse dorpje Nieuw-Helvoet.
De vesting Hellevoetsluis is in het begin van de 17e eeuw aangelegd om de oorlogs- en handelshaven te versterken. In 1798 werd onder bevel van buitengewone opzichter Jan Blanken een zeesluis en droogdok aangelegd. Hellevoetsluis was de marinebasis van de Admiraliteit van de Maze. In de tijd dat Hellevoetsluis marinehaven was werd hier de door Piet Hein buitgemaakte zilvervloot aan wal gebracht. Aan die tijd herinneren nog gebouwen als het Tromphuys, affuitenloods, het kruythuys en het Ruyterhuys, vernoemd naar Michiel de Ruyter.

De vesting was in die tijd belangrijk als (marine)haven en tot in de 19e eeuw bleef deze positie gehandhaafd. Doordat rond 1830 het Kanaal door Voorne werd gegraven was er een levendige handel en doorvaart naar Rotterdam, daarnaast had Hellevoetsluis verschillende marine-instellingen en opleidingsinstituten en een vestingartillerie. Er werden in deze tijd verschillende militaire oefeningen met land en zeemacht gehouden in Hellevoetsluis en omstreken. Nadat de Nieuwe Waterweg het Voornekanaalnutteloos had gemaakt zette het verval in, wat nog versterkt werd toen in de jaren 30 de marinehaven naar Den Helder werd verplaatst en later tijdens de Tweede Wereldoorlog de Duitsers een deel van Hellevoetsluis sloopten om een beter schootsveld te krijgen ter bescherming van de alhier gestationeerde U-boten. Tot de jaren 60 bleef de marine in Hellevoetsluis aanwezig met een mijnenveegdienst. Er is later nog een mijnenvegerschip vernoemd naar de plaats: de Hr. Ms. Hellevoetsluis. Na het vertrek van dit onderdeel van de marine stagneerde de lokale economie. 

In 1960 werden de drie gemeentes Hellevoetsluis, Nieuw-Helvoet en Nieuwenhoorn samengevoegd tot één nieuwe gemeente en nadat in de jaren 70 Hellevoetsluis was aangewezen als groeikern werden er veel woningen bijgebouwd voor forensen die in Rotterdam of het Europoort-Botlekgebied werkten, zodat in de jaren zeventig de bevolking van Hellevoetsluis verdubbelde en er verschillende nieuwe wijken werden bijgebouwd in de polders van Helvoet en Nieuwenhoorn.[9] Enkele bedrijven die rond de jaren zeventig opkwamen waren Vermaat en de oude rubberfabriek.
Sindsdien is de gemeente ook bezig met het renoveren en uitbreiden van de vesting en omliggende gebieden door middel van nieuwbouw aan de westkant van het Groote Dock, door hoogbouw bij winkelcentrum de Struytse Hoeck neer te zetten en door het opknappen van de historische bunkers verspreid rondom de vesting. Begin jaren 90 werden er nieuwe plannen voor de stadsontwikkeling gemaakt.